Фамилия Рафай — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение напрямую связано с библейским именем Рафаил, что в переводе с древнееврейского означает «Бог исцелил» или «исцеление Божье». В христианской и иудейской традиции архангел Рафаил считается целителем и покровителем странников. Фамилия образована от краткой, разговорной формы этого имени — Рафай, что характерно для народов, где имя сокращали до основы, отбрасывая греческий или латинский суффикс.

Модель образования здесь простая: основа Рафай выступает как прозвище или семейное имя без дополнительных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин). Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, не славянская по происхождению, а пришла из регионов, где имя сохранилось в усечённой форме. Среди возможных источников — еврейские, армянские или греческие общины, где имя Рафаил было популярно. В русской среде такую фамилию могли получить выходцы из Закавказья или Ближнего Востока, либо потомки крещёных евреев, у которых имя закрепилось как родовое.

Встречается фамилия Рафай крайне редко, в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ставрополье, а также среди диаспор в крупных городах. Встречаются варианты написания — Рафаи, Рафайлов, но именно форма без суффикса — самая старая и прямая. Поскольку фамилия не попала в массовые метрические книги Российской империи, её носители, вероятно, принадлежали к небольшим этническим группам, которые не проходили полную русификацию фамилий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Рафаилов, Рафаэль, Рафаэлян, — то Рафай стоит особняком: она не получила славянского окончания, что говорит о более позднем или изолированном бытовании. Предки носителей этой фамилии могли быть священнослужителями, врачами или просто людьми, получившими имя в честь архангела-целителя, но сегодня восстановить точное ремесло или сословие без архивных записей сложно.