Фамилия Рафинова — женская форма от Рафинов, и её разумнее всего рассматривать в паре с мужским вариантом. Основа здесь — личное имя Рафин, которое в русской среде встречается крайне редко и почти наверняка имеет тюркское или арабо-мусульманское происхождение. Восходит оно к арабскому корню «рафи’» — «высокий», «возвышенный», «почтенный». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Рафин (или Рафик) бытовало как вариант, образованный от того же корня. Таким образом, фамилия Рафинов (и Рафинова) — это типичная патронимическая модель: «сын (или дочь) человека по имени Рафин».

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в Поволжье и на Урале активно накладывалась на тюркские имена. Носители фамилии Рафиновы, скорее всего, происходят из татарской, башкирской или казахской среды, которая в XIX — начале XX века входила в состав Российской империи и чьи фамилии оформлялись по русскому образцу. Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях.

Интересная деталь: фамилия Рафинова нередко пересекается с более распространённой Рафикова. Обе образованы от одного корня, но разными суффиксами. Рафиков — от имени Рафик (араб. «друг», «товарищ»), а Рафинов — от более редкой формы Рафин. В быту и документах эти фамилии могли путать, особенно при записи со слуха, поэтому в архивах одной семьи иногда встречаются оба варианта. Если вы ищете свои корни, стоит проверить обе формы — это может расширить круг поиска.