Фамилия Рагинин образована от прозвища Рагиня. По одной из версий, оно ведет свое начало от диалектного нарицательного «рага», которое в олонецких говорах имеет значение «деньги». Вероятно, Рагиней называли богатого, состоятельного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рагиня, со временем получил фамилию Рагинин.