Фамилия Рагоньян — редкий случай в русском ономастиконе, но не потому, что она сложная, а потому, что её происхождение почти наверняка не славянское. Если посмотреть на суффикс и звучание, сразу заметно: типичное русское окончание -ов/-ев или -ин отсутствует, а финаль -ян указывает на армянское происхождение. В армянских фамилиях суффикс -ян (или -янц в старых формах) означает принадлежность к роду, часто по имени предка или его прозвищу. Так что Рагоньян — это «из рода Рагона».

Основа «Рагон» — вот где главная загадка. В армянском языке нет прямого слова «рагон» в бытовом значении. Вероятнее всего, это русифицированная или транслитерированная форма более старого армянского имени или прозвища. Одна из версий: основа восходит к имени Рагон, которое могло быть вариантом имени Раг (или Рагим) с уменьшительным суффиксом -он. В таком случае фамилия означает «потомок Рага». Другая гипотеза — связь с армянским словом «рагон» (rag-on), которое может означать «цветной», «пёстрый», но это редкое диалектное слово, и скорее всего, оно не стало бы основой для фамилии без дополнительного контекста.

С точки зрения географии, фамилия Рагоньян встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области и в Армении. Это типичный след армянских переселенцев, которые в XIX–XX веках оседали в Причерноморье и на Кубани. Многие из них меняли фамилии под русское произношение, но суффикс -ян сохраняли. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был из среды ремесленников, торговцев или крестьян — армянская диаспора в России в основном состояла из таких слоёв.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Рагозин, Рагозян — ничего не даёт, так как Рагозин имеет славянское происхождение (от «рагоза» — ссора, сорняк), а Рагозян — армянский вариант, но с другой основой. Так что Рагоньян стоит особняком: это не искажение и не описка, а устойчивая фамилия с чёткой моделью образования. Если у вас есть семейное предание, что предки были из Западной Армении (исторической территории в Турции), это может объяснить редкую основу — многие армянские фамилии оттуда не имеют прямых аналогов в словарях.