Фамилия Рахматханов — яркий пример того, как в русской антропонимии закрепилось имя, пришедшее из тюрко-персидского культурного круга. Её основа — сложносоставное мужское имя Рахматхан, где первая часть «Рахмат» (от арабского «рахма» — милость, сострадание) соединяется с тюркским титулом «хан» (властитель, правитель). В сумме имя можно перевести как «милостивый владыка» или «хан, дарующий милость». Такие имена были особенно популярны в исламской среде, где сочетали религиозные понятия с социальным статусом.

Русский суффикс -ов превратил имя в фамилию по стандартной модели: Рахматхан → Рахматханов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, происходил из народов Поволжья, Средней Азии или Кавказа, где имя Рахматхан было употребительным. В русскую систему фамилий её принесли при переписях населения или при переходе на оседлый образ жизни, когда отчество или прозвище отца закреплялось за всеми потомками.

Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс присоединяется к имени, оканчивающемуся на согласный (Иван — Иванов), здесь мы видим стык «хан-ов», а не «ханов». Это указывает на то, что полная форма имени — Рахматхан — воспринималась как цельная основа, а не как «Рахмат» с титулом «хан». Встречаются и варианты написания через дефис (Рахмат-Ханов), но они редки и обычно возникали при записи в советских паспортах, когда чиновники пытались сохранить исходную структуру.

Социальный контекст фамилии говорит о том, что её носители вряд ли принадлежали к высшей аристократии: титул «хан» в данном имени — скорее пожелание величия, а не реальный титул, пожалованный предку. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир, казахов, а также у народов Дагестана (кумыки, ногайцы). В русском языке фамилия сохраняет ударение на третьем слоге — Рахматха́нов, что соответствует ударению в исходном имени.