Фамилия Рахматов почти всегда восходит к мусульманскому мужскому имени Рахмат. В его основе лежит арабское слово rahmat, которое переводится как «благодарность», «милость» или «прощение». В исламской традиции это одно из важных понятий, а имя Рахмат широко бытует у народов, исповедующих ислам. Поэтому для большинства носителей фамилии версия с арабским корнем — самая прямая и правдоподобная: фамилию образовали от имени Рахмат по обычной русской модели с суффиксом -ов, отвечая на вопрос «чей сын?» — сын Рахмата.

Однако у этой фамилии есть и другая, более экзотическая версия, которую всерьёз рассматривают некоторые исследователи. Они связывают слово «рахмат» с индийскими корнями и возводят его к брахманам — жрецам Брамы в религии брахманизма. На Руси действительно были распространены списки фантастических сочинений, где упоминались и высмеивались брахманы и их верования. Но эта гипотеза скорее курьёзная: слишком уж велико расстояние между древнеиндийскими жрецами и русской фамилией, и слишком очевиден арабский источник имени. Слабость этой версии в том, что она не объясняет, каким образом индийское слово могло попасть в обиход русских людей в качестве личного имени или прозвища.

Отдельного внимания заслуживает созвучное русское слово «рахманый». В старину оно было широко распространено в народной речи и имело самые противоречивые значения в разных говорах. В псковских и западных говорах это прилагательное означало «тихий, кроткий, смирный, ручной», на юге от Москвы — «вялый, хилый, скучный, простоватый, нерасторопный», а севернее и восточнее столицы — «веселый, разгульный, хлебосольный, щеголь». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Рахмат в славянской среде могло указывать на особенности характера человека, но какое именно качество оно подчёркивало, зависело от местности. Впрочем, эта версия тоже не основная: она объясняет появление прозвища, но не имени, а фамилия Рахматов в подавляющем большинстве случаев образована именно от личного имени, а не от прозвища.

Несмотря на разнообразие версий, наиболее правдоподобной остаётся первая: фамилия Рахматов — это отчество от арабского имени Рахмат. Такая модель образования типична для фамилий, которые возникали у татар, башкир, казахов и других народов России, принявших русскую форму фамилий на -ов. Предки человека с фамилией Рахматов, скорее всего, носили имя Рахмат, а их потомки закрепили за собой обозначение «Рахматовы» — то есть люди из рода Рахмата.