Фамилия Рахтеенко — редкий случай украинской модели образования на -енко от корня, который не лежит на поверхности. Суффикс -енко, по словарю Бориса Унбегауна, типичен для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины и означает «сын» или «потомок» (сравните Шевченко — сын Шевца). Значит, основа фамилии — личное имя или прозвище Рахтей.

Что такое «Рахтей»? Самая правдоподобная версия — это производное от крестильного имени Рафаил (древнееврейское «Бог исцелил»). В народной речи имя сокращали и переделывали: Рафаил — Рахтей. Подобные трансформации обычны: Афанасий давал Ахтей, Гавриил — Гахтей. Суффикс -ей указывает на разговорную, бытовую форму имени, которая и стала прозвищем главы семьи.

Вторая версия, менее вероятная, связывает Рахтея с глаголом «рахтаться» (в некоторых говорах — суетиться, хлопотать, или, наоборот, капризничать). Но в украинском языке этот глагол не зафиксирован как распространённый, а в русских диалектах он редок и имеет размытое значение. Поэтому имя-основа надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям Украины — Черниговщине, Полтавщине, Киевщине. Встречается она редко, в основном в сельской местности. Это говорит о том, что родоначальник не принадлежал к дворянству или духовенству (там чаще использовали фамилии на -ский или полные церковные формы), а был крестьянином или казаком. Фамилия закрепилась за его потомками в XVIII–XIX веках, когда на Левобережье активно оформлялись родовые прозвания.

Написание Рахтеенко с двумя «е» (а не Рахтиенко или Рохтеенко) устоялось, вероятно, под влиянием украинской орфографии, где «е» после гласного читается как [йе]. В документах XIX века можно встретить вариант Рахтеенков — с русским суффиксом -ов, который добавляли при переписи украинских фамилий на великорусский манер. Но современная форма сохранила исходный украинский облик.