Фамилия Рапанаол — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение приходится буквально собирать по крупицам. Прежде всего, бросается в глаза, что типичных славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский) в ней нет. Окончание «-ол» нехарактерно для русских фамилий, что сразу указывает на иноязычную основу. Скорее всего, перед нами не патроним (фамилия от имени отца), а прозвище, застывшее в исходной форме без переоформления русским суффиксом.

Наиболее вероятный корень — диалектное или заимствованное слово «рапан» или «рапана». В северных и поморских говорах «рапа» — это мелкая морская рыба, а также соленая вода или тузлук (рассол для засолки рыбы). «Рапана» могло быть прозвищем рыбака, солевара или человека, связанного с морским промыслом. Вторая часть «-ол» может быть искаженным окончанием от финно-угорского или карельского слова (например, «ол» — «быть» или часть топонима), либо это остаток тюркского «оглы» (сын), что в прибалтийско-финской среде встречается редко, но не исключено.

Если же отталкиваться от того, что фамилия могла быть записана на слух, то возможна версия происхождения от личного имени Рапана — варианта крестильного имени Рафаил (в просторечии Рапан, Рапа). В таком случае «Рапанаол» — это «Рапана, сын Ола» (где Ол — сокращение от Олег или Александр), что характерно для скандинавского или финского влияния на северо-западе России. Такая модель образования фамилий (имя + «ол») встречается у карел и вепсов.

Географически фамилия тяготеет к Карелии, Мурманской или Архангельской области — зоне контакта славян с прибалтийско-финскими народами. Носители фамилии Рапанаол, скорее всего, потомки поморов или крестьян, занимавшихся морским промыслом или солеварением. Второй, менее вероятный вариант — выходцы из прибалтийских губерний, где под влиянием немецкого языка фамилии могли приобретать необычные окончания. Точных сведений о сословной принадлежности нет — фамилия настолько редкая, что не попала в основные переписные книги.