Основой фамилии Рапонов послужило мирское имя Рапон. Мирское имя Рапон берет начало от нарицательного «ряпа», которое в переводе с болгарского языка на русский означает «репа». Давая младенцу имя со значением «репа», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Рапон, со временем получил фамилию Рапонов.