Фамилия Рапутов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет распространённого суффикса -ин или -ский, а основа не связана с очевидным ремеслом или именем. Чтобы понять её корни, нужно разобрать слово по составу и обратиться к диалектам.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Рапута). Значит, в основе лежит прозвище или неканоническое имя Рапут. Что оно могло означать? Первая версия: связь с диалектным глаголом «рапутать» — запутывать, путать, делать неразбериху. В некоторых говорах так называли нерасторопного или рассеянного человека, который всё путает. Вторая, более правдоподобная версия: это вариант фамилии Раппопорт или Рапопорт, которую носили еврейские выходцы из Италии (от названия города Порто). Однако в русской среде фамилия могла трансформироваться из-за звукового сходства с местными прозвищами — например, от «рапа» (рыболовная снасть) или «рапун» (человек, который раптует — кричит, зовёт). Последнее характерно для южнорусских говоров.

Географически фамилия Рапутов встречается крайне редко, в основном на юге России и Украины, что подтверждает её диалектную природу. Если предки носили такое прозвище, то они могли быть либо рыболовами (от «рапа»), либо людьми с заметной речевой особенностью — например, громогласными зазывалами или крикливыми торговцами. Социальный статус, скорее всего, крестьянский или мещанский: фамилии на -ов от прозвищ редко встречались у дворянства.

Сравните с однокоренными фамилиями: Рапунов (от «рапун» — крикун) или Раппопорт (заимствованная). Рапутов стоит особняком — в ней нет ни польского, ни немецкого следа, только русская или украинская основа. Если бы фамилия была образована от имени, мы бы видели Рапутин (от Рапутя, уменьшительного от Рафаил), но суффикс -ов здесь не даёт такой версии. Поэтому наиболее вероятно, что Рапутов — это прозвищная фамилия, которую дали человеку за его манеру говорить или действовать.