Фамилия Ратканова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), в основе лежит корень «Раткан-». Самая вероятная версия: это фонетический вариант фамилии Ратманова, образованной от прозвища Ратман. В старину «ратманом» называли выборного члена городской управы или магистрата (из немецкого Rathmann — «советник»). Замена «м» на «к» могла произойти в диалектной речи или при записи фамилии в документах — писарь записал на слух.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с древнерусским словом «рать» (войско, битва). Тогда основа могла быть уменьшительной формой — Ратка (как Ратша или Ратибор), а Раткановы — потомки человека по имени или прозвищу Ратка. Однако такая форма личного имени не встречается в исторических источниках, в отличие от Ратмана.

Фамилия Ратканова почти не встречается в центральных областях России. Она характерна для Поволжья и Урала, где в XVIII–XIX веках активно селились государственные крестьяне и мастеровые. Именно в этих регионах искажение «Ратманов» в «Ратканов» наиболее вероятно из-за местных говоров. Таким образом, предки современной носительницы фамилии могли быть горожанами, имевшими отношение к местному самоуправлению, либо солдатами или крестьянами, чью фамилию упростили при переписи.