Фамилия Репутина образована от прозвища или нецерковного имени Репута. В русской ономастике это редкий случай, когда основа неочевидна и не связана с распространёнными ремёслами или внешностью. Корень «реп-» сразу наводит на мысль о репе, но суффикс «-ут-» здесь не уменьшительный, а скорее прозвищный, характерный для старых русских имён вроде Мишута, Данута.

Правдоподобнее всего, что Репута — это прозвище человека, который занимался выращиванием или продажей репы. В Древней Руси репа была основным овощем до появления картофеля, и целые деревни кормились с репищ. Прозвище Репута мог получить огородник, торговец или просто человек с крупной головой, которую в шутку сравнивали с репой. Такая метафора — «репа» как голова — встречается в русских говорах и сейчас.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Репутина — «дочь (или жена) Репуты». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где репа была традиционной культурой. Встречаются также варианты Репутин, Репутины, но Репутина — самая частотная форма.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не выделяется как отдельная статья, но её модель полностью вписывается в описанный им тип отпрозвищных фамилий на -ин. Никакой связи с «репутацией» — это позднее заимствование из латыни, не имеющее к русскому прозвищу отношения. Фамилия Репутина — живое свидетельство о быте крестьянского севера, где репа кормила семьи и давала прозвища.