Фамилия Ризоматова — редкий случай, когда прозвище предка, скорее всего, было связано не с характером или профессией, а с необычной внешностью или физической особенностью. В основе лежит слово «ризома» — это научный ботанический термин, обозначающий подземный стебель (корневище) многолетних растений. В народной речи так могли назвать человека с коренастой, приземистой фигурой, с мощным, «узловатым» телосложением, будто он весь — один крепкий корень.

Разбор по словообразовательной модели простой: основа «Ризомат» плюс суффикс -ов, образующий притяжательные фамилии («чей?» — сын Ризомата). Суффикс -ов указывает на русское происхождение и на то, что фамилия сложилась в среде, где фамилии давали по отцу (патроним). Вероятнее всего, предок Ризоматовых получил прозвище Ризомат, а его дети стали Ризоматовыми. Женская форма Ризоматова — это либо дочь, либо жена Ризоматова.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с греческим словом «ризома» (корень), но не напрямую. Возможно, прозвище дали пришлому греку или человеку из южных регионов, где были заметны греческие культурные влияния, однако это лишь догадка. Термин «ризома» — книжный, поэтому прозвище могло возникнуть в среде грамотных людей, например, в семинарской или учительской среде, где любили давать «учёные» прозвища.

Фамилия чрезвычайно редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских или купеческих родов, не фиксируется в классических словарях русских фамилий (Унбегауна, Никонова). Это говорит о том, что род был крестьянским или мещанским, а фамилия сохранилась в одной-двух локальных ветвях, возможно, на юге России или в Поволжье. В современной России носителей фамилии можно пересчитать по пальцам, что делает её практически уникальным родовым знаком.