Фамилия Родонаия — редкая и нестандартная для русского языка. Её структура сразу выбивается из привычных моделей: в ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин, -ский. Окончание -ия заставляет предположить, что перед нами фамилия, либо искусственно созданная (например, в семинарской среде), либо адаптированная из другого языка.

Наиболее правдоподобная версия — происхождение от греческого слова «родон» (ῥόδον), что значит «роза». В таком случае Родонаия — это фамилия-трансформация, образованная по модели греческих или латинизированных имён (ср. Родопия, Македония). В России такие фамилии могли давать выпускникам духовных семинарий: им меняли «простонародные» фамилии на более благозвучные, книжные, с отсылкой к античной культуре или библейской символике. «Родонаия» в этом ряду могла означать «розовая», «цветущая» или быть отсылкой к Родосу (острову роз).

Вторая версия, менее вероятная, — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия местности, например, итальянского или испанского селения Родона (Rodona), но для массового бытования в России это нетипично. Следов массового расселения носителей фамилии Родонаия в исторических документах не прослеживается — это единичный случай, что подтверждает гипотезу об искусственном, «кабинетном» происхождении.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Суффикс -ия в русских фамилиях встречается в основном у поздних дворянских или псевдо-греческих образований (ср. Дондуков-Корсаков, но не как основа). Если бы фамилия была исконно русской, мы бы ожидали формы Родонов или Родонин. Этого не произошло, и именно «неестественное» для восточнославянской системы окончание — главная зацепка: предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми книжными, возможно, духовного звания, получившими фамилию по учёному образцу в XIX веке.