Фамилия Рубинковская образована по продуктивной для польского, украинского и западнорусского ономастикона модели с суффиксом -ск(ая). Эта модель указывает на принадлежность к роду или местности: носительница фамилии — женщина, а её предок-мужчина носил форму Рубинковский. Основа фамилии — топоним или прозвище Рубинко, Рубинка.

Самый прямой путь к происхождению — географический. В Польше и на западе Украины есть несколько населённых пунктов с корнем «Рубин»: деревни Рубин, Рубиново, а также Рубинка — хутор или село, название которого могло произойти от личного имени Рубин или от драгоценного камня (рубин — красный корунд, символ достоинства). Предок, владевший землёй или живший в таком месте, получал прозвание «Рубинковский» — то есть «из Рубинки». Суффикс -к- в основе (Рубин-к-овский) характерен для уменьшительных или патронимических форм: Рубинко могло быть прозвищем человека небольшого роста, румяного, либо того, кто торговал или обрабатывал рубины (в переносном смысле — самоцветы, красные камни).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа «рубин» — не камень, а диалектное слово. В некоторых говорах «рубин» означало «рубец», «шрам» (от «рубить»). Тогда Рубинко — человек со шрамом, а Рубинковский — его потомок. Однако в ономастике эта гипотеза слабая: фамилии на -ский от прозвищ с таким значением редки, предпочтение отдаётся топонимическому объяснению.

Фамилия Рубинковская — типично шляхетская по форме: окончание -ский/-цкий в XVI–XVIII веках носили польские и украинские дворяне, а также духовенство. Однако в XIX веке, после разделов Речи Посполитой, такие фамилии массово получали крестьяне и мещане при переходе в православие или при записи в метрические книги — по названию деревни, откуда они вышли. Поэтому Рубинковская могла принадлежать и потомкам крепостных из села Рубинка (например, в бывшей Волынской губернии), и обедневшей шляхте.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Рубин, Рубинов, Рубинчик, Рубинштейн — показывает, что Рубинковская стоит особняком: она не от имени, а от места или прозвища с уменьшительным суффиксом. В современных базах данных фамилия редкая, встречается в основном в западных областях Украины и в Беларуси, а также среди потомков эмигрантов первой волны.