Фамилия Рубиженко — украинская по модели образования, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс — самый распространённый патронимический маркер, означающий «сын» или «потомок» (аналог русских фамилий на -ов/-ев). То есть Рубиженко — это буквально «сын Рубижа» или «потомок Рубижа».

Основа фамилии — прозвище Рубиж (или Рубіж в украинской передаче). Слово «рубиж» в диалектах восточнославянских языков означало рубеж, границу, межу. В украинском языке «рубіж» — это и есть «граница», «рубеж». Человек по прозвищу Рубиж мог быть жителем пограничной территории, землемером, который устанавливал межи, или просто тем, кто жил на краю села, на границе владений.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с глаголом «рубить» (например, «рубиж» — место рубки леса или инструмент для рубки). Однако в таком случае фамилия была бы скорее Рубиженко (от «рубить»), а не Рубиженко. Ударение на втором слоге (Руби́женко) тоже склоняет к версии с «рубежом»: в украинском «рубі́ж» даёт естественное «Рубі́женко».

Фамилия Рубиженко — достаточно редкая. Она не входит в число массовых украинских фамилий вроде Коваленко или Шевченко. Это указывает на то, что прозвище Рубиж, вероятно, не было широко распространено, а бытовало локально — в какой-то конкретной местности, возможно, на Левобережной Украине или Слобожанщине, где границы и межи имели особое значение из-за постоянных территориальных переделов.

Сословно предки Рубиженко, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству. Украинские фамилии на -енко в массе своей закрепились именно за этими слоями в XVI–XVIII веках. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.

В современной России фамилия встречается, но единично — в основном в южных областях, граничащих с Украиной, или в среде потомков украинских переселенцев.