Фамилия Рубки — редкая и нестандартная по своей форме. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский. Такая «застывшая» форма (Рубки, а не Рубкин или Рубков) указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия украинского или белорусского происхождения, либо северорусская фамилия, образованная от прозвища в родительном падеже множественного числа.

Вероятнее всего, основа фамилии — «рубка». В русских говорах и украинском языке «рубка» — это не только процесс, но и конкретный предмет: небольшая постройка из брёвен, клеть, сруб. Прозвище Рубка мог получить плотник, лесоруб или человек, живший в такой постройке. Фамилия Рубки в таком случае означает «из семьи Рубки» или «дети Рубки» — характерная восточнославянская модель, где окончание -и/-ы указывает на принадлежность роду.

Есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть как прозвище от глагола «рубить» в переносном смысле: «рубить сплеча» — говорить прямо, резко, без оглядки. Так могли прозвать человека прямолинейного, грубоватого или, наоборот, решительного и отчаянного. В этом случае Рубки — это уже не «дети Рубки», а целый род, который «пошёл от Рубки».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой: современные Беларусь, Украина, а также Смоленщина и Брянщина. Встречается она и у еврейского населения этих территорий — как вариант адаптации немецкой фамилии Rubke или как прозвище, данное ремесленнику (мяснику, портному, рубщику леса).

Особенность фамилии в её «несклоняемости» по мужскому роду в бытовом языке: «Иван Рубки», а не «Иван Рубка». Это создаёт путаницу в документах — многие носители сами не знают, склонять фамилию или нет. В официальных бумагах её чаще оставляют без изменений, что окончательно закрепляет за ней статус редкой и нестандартной.