Фамилия Рубкова — женская форма фамилии Рубков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Рубок. В основе лежит древнерусское слово «рубъ» — обрубок, отрезок, или же глагол «рубить». Чаще всего так могли прозвать человека плотного телосложения, коренастого, «рубленого» — то есть крепко сбитого. Менее вероятно, но возможно, что прозвище относилось к тому, кто работал с деревом: рубил избы, делал срубы.

Суффикс -к- в основе (Рубок → Рубков) указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму имени или прозвища. В русской ономастике такие модели типичны для прозвищ, данных по внешности или характеру: Рубок — «маленький рубленый» или «сын Руба». Фамилия образована по стандартной патронимической схеме: Рубок + -ов, то есть буквально «сын Рубка».

Географически фамилия Рубков (и Рубкова) встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с плотницким ремеслом: на Русском Севере рубка домов была основным занятием. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от глагольных корней с суффиксом -ок описываются как типичные для прозвищ, возникших в крестьянской среде.

В отличие от фамилий вроде Рублёв или Рубин, где корень может быть искажён или заимствован, Рубкова прозрачна по смыслу. Она не имеет связи с деньгами (рубль) или драгоценными камнями — только с действием и предметом. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был либо плотником, либо человеком с заметной коренастой фигурой, которую в деревне метко окрестили «Рубок».

Двойственная версия — от канонического имени Руф (церковное Руф, уменьшительное Руфко или Рубко) — маловероятна, так как такое имя было редким на Руси, а фамилия Рубкова массово встречается именно в северных говорах, где преобладали прозвищные, а не крестильные основы.