Фамилия Рубковец — один из тех случаев, когда написание подсказывает географию, а корень указывает на занятие предка. В русских фамилиях суффикс «-ец» встречается нечасто и в основном на западе и юге: в белорусских, украинских, а также смоленских и псковских землях. Он указывает на принадлежность к месту (как Минчанин → Минчанец) или на характерный признак. Рубковец, скорее всего, не исключение.

Основа фамилии — «Рубк-» — восходит к глаголу «рубить». В старину «рубкой» называли не только действие, но и место вырубки леса, а также то, что получалось в результате рубки: сруб, деревянное строение. Человек, которого прозвали Рубок или Рубко, мог быть лесорубом, плотником или жить возле свежей вырубки. Суффикс «-ов-» в основе (Рубков) указывает на патронимическую связь: сын Рубка. А конечный «-ец» мог означать либо выходца из селения Рубково (такие деревни есть, например, в Беларуси), либо просто жителя по прозвищу Рубок. Таким образом, фамилия Рубковец означает «потомок Рубка» или «человек из Рубкова».

Интересно, что фамилия не попала в число массовых: она редкая и локальная. По данным современных открытых источников, большинство носителей Рубковец живут на западе России и в Беларуси. Это косвенно подтверждает версию о западнорусском или белорусском происхождении. В отличие от фамилий на «-ов» (Рубков), которые распространены повсеместно, вариант с «-ец» сохранил региональную привязку и не разошелся широко по стране.

В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова суффикс «-ец» описывается как характерный для украинских и белорусских фамилий, а также для жителей северных и центральных областей России, но в последнем случае он чаще оформлял прозвища (Скородумец, Жилец). Для Рубковец более вероятна модель «от названия места»: предок мог переселиться из деревни Рубково и получить прозвище Рубковец — «тот, кто из Рубкова». Позже это прозвище закрепилось как фамилия.

Другие версии, например, связь с польским «rąbać» (рубить) или немецким «Rube» (репа), выглядят натянутыми. Фамилия явно славянская, с прозрачной внутренней формой, и её объяснение лежит в сфере ремесла или топонимики.