Фамилия Рубакова — женская форма от мужской Рубаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Рубак. Основа здесь — глагол «рубать», то есть рубить, сечь. В древнерусском языке «рубак» — это не просто тот, кто рубит, а опытный воин, рубящий мечом или саблей, либо дровосек, лесоруб. В словаре Владимира Даля слово «рубак» зафиксировано именно в значении «воин, который рубится холодным оружием», «рубака». Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо профессиональным воином, либо человеком, занимавшимся рубкой леса.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Рубака»). Это одна из самых распространённых моделей в русской антропонимии, характерная для центральных и северных регионов России. Встречаются однокоренные фамилии: Рубакин, Рубахин, Рубанов, Рубцов. От Рубаковых их отличает именно суффикс -ак, который в прозвищах часто придавал оттенок активности или характерного действия (ср. Дергач — от дёргать, Кричак — от кричать). Рубак — это «тот, кто рубит», деятель по своему ремеслу.

Спорных версий у фамилии почти нет. Соблазнительно связать её с «рубахой» или «рубищем» (одеждой), но это фонетическое совпадение: слова «рубаха» и «рубить» исторически родственны, но в прозвище Рубак прямой связи с одеждой не прослеживается. Если бы основа была от одежды, скорее возникла бы фамилия Рубахин или Рубашкин.

Среди носителей фамилии Рубакова нет громких исторических фигур, известных широкой публике, — это фамилия «из народа», типичная для крестьянского и казачьего сословия. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания служилых людей по фамилии Рубаков, например, в южных засечных чертах, где ценились «рубаки» — умелые бойцы. Современная география фамилии широка: она встречается по всей России, но несколько чаще — в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с вольными поселенцами и казачеством.