Фамилия Рубаков образована от прозвища Рубак, которое восходит к глаголу «рубать», имеющему значение «резать с размаху, тесать, сечь; ударяя острием, делить на части». Вероятно, Рубаком прозвали человека, которого «рубили в бою», то есть получившего рубленую рану. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рубак, со временем получил фамилию Рубаков.