Фамилия Рубаев — типичный пример русской фамилии-прозвища, образованной по простой и понятной модели: основа плюс суффикс -ев, который добавляется к основам на мягкий согласный или й. В данном случае основой послужило личное прозвище Рубай, а суффикс указывает на принадлежность: Рубаев буквально означает «сын Рубая», «потомок Рубая». Эта словообразовательная схема была одной из самых распространённых на Руси в XV–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться за крестьянскими и посадскими родами.

Смысл прозвища Рубай раскрывается через глагол «рубить», и здесь открывается сразу несколько возможных путей. Самое прямое объяснение — прозвище человека, получившего рубленую рану, шрам или увечье, скорее всего, в бою. В те времена боевые отметины были делом обычным, и такая примета легко могла закрепиться за воином и перейти к его детям. Однако не менее вероятно, что прозвище указывало на ремесло: лесоруб, плотник, мясник — все они в равной степени «рубили» каждый день. Прозвища по профессии были чрезвычайно живучи, и нередко именно они вытесняли личные имена в быту.

Есть и третья, более редкая версия, связанная с военной организацией Московского государства. Существовали так называемые «рубленые ратные люди» — ополчение, которое выставлялось по наряду от разрубов, то есть от определённых волостей или пригородов. Если предок попал в такой отряд, его вполне могли прозвать Рубаем по роду службы, и тогда основатель рода Рубаевых — профессиональный воин, а не случайно пострадавший в стычке человек. Эта версия хорошо согласуется с тем, что фамилия не выглядит аристократической, но и не несёт отпечатка крепостного быта.

Наконец, нельзя сбрасывать со счетов и восточный след. В мусульманской среде бытовало имя Рубаз, которое в диалектном произношении могло звучать как Рубай и переводится как «открытый». Такое имя вполне могло попасть в русскую среду через татарскую или другую тюркскую знать, которая после присоединения Казанского и Астраханского ханств активно вливалась в ряды русского дворянства и служилых людей. В этом случае фамилия Рубаев — не про рубку, а про личное имя, которое со временем переосмыслили на русский лад.

Какая из версий правдоподобнее? Скорее всего, первая и вторая — они опираются на живую разговорную основу и не требуют привлечения внешних заимствований. Прозвища от глагола «рубить» возникали в народе постоянно и независимо друг от друга, поэтому большинство Рубаевых, вероятно, ведут род от человека с характерной профессией или боевой отметиной. Восточная версия имеет право на существование, но она объясняет лишь часть случаев, и без генеалогических данных конкретной семьи утверждать её как основную было бы опрометчиво.

Интересно, что фамилия Рубаев не имеет «двойников» с суффиксом -ин, хотя прозвище Рубай могло бы легко дать форму Рубаин. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в той среде, где преобладала модель с -ев, то есть среди служилых людей и крестьян северных и центральных уездов, а не, скажем, в новгородских землях, где чаще использовали -ин. Встречается и женская форма Рубаева, что для русских фамилий естественно, но не несёт отдельной смысловой нагрузки.