Фамилия Рубацкая — женская форма фамилии Рубацкий, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -цк(ий) указывает на модель образования, типичную для польской шляхты, а также для украинской и белорусской знати. В русской традиции такие фамилии часто получали выходцы из Речи Посполитой или жители западных губерний. Суффикс -цк- говорит о том, что фамилия образована от географического названия — скорее всего, от села или местечка с корнем «Рубац-» или «Рубач-». Например, в Польше и Беларуси есть населённые пункты Рубачево, Рубачи, Рубацк.

Основа «руб-» многозначна, и здесь возможны две основные версии происхождения. Первая и самая прямая — от глагола «рубить», то есть предок мог быть рубщиком леса, дровосеком или плотником. Вторая версия — от прозвища «Рубака» или «Рубец», которое давали человеку с рубленым шрамом на лице или телу, либо воину, рубившемуся в бою. В белорусских говорах «рубаць» означало «резать, кроить», что могло относиться к портному или кожевнику. Спор между этими версиями решается в пользу ремесленной: фамилии на -цкий редко образуют от прозвищ с бытовым значением, чаще — от названий мест, а те, в свою очередь, происходят от занятий жителей.

Редкость фамилии Рубацкая в том, что она почти не встречается в центральной России. Основной ареал — западные области: Брестская, Гродненская, а также Волынская и Ровенская области Украины. В польских метриках XVIII–XIX веков фамилия Rubacki встречается в Подляшье и Мазовии. Это значит, что носительница фамилии с большой вероятностью имеет западнославянские или балто-славянские корни, и её предки были либо мещанами из местечка, либо крестьянами, получившими фамилию по названию хутора.

Правописание с одной «к» (Рубацкая, а не Рубакская) — не ошибка, а особенность словообразования: суффикс -цк- присоединяется к основе на «к» (Рубак → Рубацкий, по правилу чередования к/ц). Такое же чередование видим в фамилиях Новицкий (от Новик), Ковальский (от Коваль).