Фамилия Рубаева — это женская форма, а мужская, Рубаев, образована по одной из самых распространённых в России моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Суффикс прибавляется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Руб- или Руб-ай.

Самый очевидный и правдоподобный путь происхождения — от глагола «рубить» или существительного «руб». Прозвище Рубай могли дать плотнику, дровосеку или, что вероятнее, человеку, который работал с топором — строил избы, рубил лес. В русских говорах «рубай» — это и мастер по рубке, и иногда просто крепкий, рубленый мужик. В этом случае фамилия — типичный пример прозвища по ремеслу, которое закрепилось за потомками.

Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского корня. В башкирском, татарском и других тюркских языках есть слово «рубай» (четверостишие, рубаи) или личное имя Рубай, образованное от этого слова. В таком случае фамилия указывает на предка, носившего мусульманское имя, связанное с поэзией или духовной культурой. Однако для фамилии Рубаев в русском контексте эта версия менее вероятна, так как суффикс -ев — типично русский, а не тюркский, и фамилия чаще встречается в центральных и северных регионах России, где тюркское влияние слабее.

Встречается и вариант с основой «руб» в значении «рубец», «шрам», но это скорее случайное совпадение, а не осознанное прозвище.

Таким образом, предок носителя фамилии Рубаев с высокой долей вероятности был плотником, лесорубом или строителем. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её география — преимущественно русские области с развитым деревянным зодчеством.