Фамилия Рудунков — одна из тех, где исходное прозвище почти растворилось в суффиксах, и разобрать её можно только через словообразовательную цепочку. Основа здесь — «рудун» или «рудунк», что сразу отсылает к прилагательному «рудой» — в древнерусском языке это значило «красный» или «рыжий». Так могли прозвать человека с рыжими волосами или с красноватым оттенком лица. Суффикс «-ун» в русских прозвищах типичен для характеристики по внешнему признаку или повадке: «крикун», «говорун», «летун». «Рудун» — тот, кто «рудится», то есть выделяется рыжиной.

Дальше работает модель на «-к-»: «Рудун» превращается в «Рудунок» — уменьшительная или обиходная форма, как «сынок» от «сын» или «котёнок» от «кот». В русских фамилиях такая цепочка встречается реже, чем прямое «-ов» от полного имени, но она устойчиво фиксирует прозвище в бытовом, почти ласкательном виде. Фамилия Рудунков — это, по сути, «чей?»: сын или потомок человека по прозвищу Рудунок, то есть «рыженький». Патронимический суффикс «-ов» завершает образование, привязывая фамилию к севернорусской или центральнорусской традиции, где преобладает «-ов» вместо южного «-енко».

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России, особенно в Воронежской и Липецкой областях, а также на юге — в Краснодарском крае. В дореволюционных переписях и метрических книгах «Рудунковы» изредка фиксируются среди крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи. Сословной принадлежности как таковой не прослеживается: фамилия не дворянская, не купеческая, а чисто крестьянская, возникшая в среде, где прозвища давали по самому заметному признаку.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Рудаков, Руденков, Рудин — подкрепляет версию. Рудаков образовано напрямую от «рудак» (рыжий человек), а Рудунков — более сложная, уменьшительная форма. Спорных версий нет: корень «руд-» в значении «красный» общепризнан в ономастике, и попытки связать фамилию с «руда» (железная руда) или «рудить» (пачкать) маловероятны — такие значения не давали устойчивых прозвищ для людей. Таким образом, предок Рудунковых, скорее всего, был заметно рыжим человеком, и это прозвище закрепилось за его потомками в уменьшительно-ласкательной форме.