Фамилия Рудун — один из тех случаев, когда прозвище человека оказалось прочнее и крепче, чем его церковное имя. В основе фамилии лежит не каноническое имя, а живое народное слово — «руда». В древнерусском языке «руда» означала не только минеральное сырьё, но и кровь, а также грязь, болотную жижу. Поэтому прозвище Рудой или Рудун могло закрепиться за человеком с рыжими волосами (по цвету крови-руды), за хмурым, смуглым лицом, либо за тем, кто работал с болотистой, «рудой» почвой — например, добывал руду или жил возле топкого места.

Суффикс -ун в фамилии Рудун — редкая и выразительная деталь. В русском языке этот суффикс обычно образует названия людей по характерному действию или свойству: бегун, крикун, ворчун. Рудун — это «тот, кто рудый», то есть носитель яркого внешнего признака. Такая модель встречается нечасто: в основном фамилии на -ун характерны для северных и сибирских говоров, где прозвища часто были более образными и прямыми. Если бы фамилия образовалась в центральной России, скорее всего, мы бы увидели вариант Рудов или Рудин.

География фамилии подтверждает её северное происхождение. Основные очаги Рудунов — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Сибири, куда переселенцы с Русского Севера уходили в XVII–XVIII веках. Встречается фамилия и на Украине, но там она, вероятно, связана с другим значением: «руда» в украинском языке — это руда, а «рудун» могло означать горняка или человека, добывающего болотную руду. Второй вариант — от прозвища Рудь, Рудко, что тоже ведёт к рыжему цвету волос.

С точки зрения сословной принадлежности, Рудуны — почти всегда крестьяне или посадские люди. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается, что логично: прозвище слишком «земляное» и прямое для аристократической среды. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян Рудунов в Двинском уезде, а в XIX веке — мещан и купцов в сибирских городах, куда фамилия пришла вместе с потоком переселенцев.

В современном написании фамилия сохранила свою первоначальную форму без изменений. Вариант «Рудун» — единственно верный; путаница с ударением (на первый или второй слог) зависит от местности, но в большинстве говоров ударение падает на последний слог: Руду́н. Фамилия не имеет отношения к латинскому rudis (грубый) или немецкому Ruder (весло) — все попытки найти нерусский корень натянуты и не подтверждаются историческими документами. Перед нами чисто восточнославянская модель, построенная по тому же принципу, что и фамилии Хохлун, Грязнун, Рыжун.