Фамилия Рудышина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Рудышин. Её ядро — прозвище или мирское имя Рудыша. В русской ономастике суффикс -ыш- часто образует уменьшительные или прозвищные формы от прилагательных и глаголов (сравните: малыш, глупыш, крепыш). Здесь основа та же, что в слове «рудой» — в древнерусском языке оно означало «рыжий», «красный» или «бурый». Так могли назвать человека с рыжими волосами, румяным лицом или, реже, того, кто работал с рудой (добывал или плавил железо). Рудыша — это «рыжик», «красноватый» — ласкательное или шутливое прозвище.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Рудышин буквально значит «сын Рудыши» или «из семьи Рудыши». Такая модель (основа на -а/-я + -ин) типична для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских земель. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в южнорусских регионах, Рудышины исторически могли быть сосредоточены на севере или северо-востоке — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Географический разброс фамилии сегодня невелик, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном конкретном селе или волости и долго не выходила за пределы своего уезда.

Редкость фамилии объясняется не только узкой территорией бытования, но и тем, что основа «руд-» в чисто прозвищном значении (без прямой связи с профессией) встречается реже, чем, например, Руднев или Руденко. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) «Рудышин» не упоминается — это говорит о том, что фамилия не попала в общерусские списки дворянства или купечества, а осталась в крестьянской или мещанской среде. Если искать однокоренные аналоги, то ближе всего стоят фамилии Рудый, Руденя, Рудыка — все они отсылают к тому же корню «руд-» в значении «рыжий».

Таким образом, носительница фамилии Рудышина может считать, что её предок был человеком с яркой внешностью — рыжеватым или краснолицым, а сама фамилия сформировалась в северной или центральной России не позднее XVII века, когда прозвища на -ыша были ещё живыми и активными.