Фамилия Руфеев — редкий случай, когда за основу взято не календарное имя, а прозвище, и при этом не сразу понятно, хвалебное оно или насмешливое. В её основе лежит прилагательное «руфый», которое в русских говорах имело два почти противоположных значения: «рыжий» и «русый, белокурый». Скорее всего, прозвище Руфей дали человеку с яркой, заметной внешностью — рыжие волосы всегда бросались в глаза и легко становились причиной для уличного имени. В некоторых диалектах, впрочем, «руфый» означало просто светловолосого, без рыжины.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Руфей плюс притяжательный суффикс -ев, отвечающий на вопрос «чей?». Получается «сын Руфея». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа заканчивалась на мягкий согласный или й — именно так выглядит прозвище Руфей. Интересно, что фамилия не перешла в разряд церковных: в святцах есть имя Руф (апостол от семидесяти), но Руфей — это именно народная, бытовая форма, образованная по той же модели, что и Иваней от Иван.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается она в основном в Архангельской, Вологодской и Костромской областях, где диалектное слово «руфый» было в ходу. В южнорусских говорах, где преобладали другие обозначения цвета волос, фамилия почти не фиксируется. Это косвенно подтверждает, что прозвище возникло именно в северорусской среде, а не было принесено извне.

Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, был крестьянским и мещанским. Руфеевы не встречаются в списках дворянских родов, что логично: прозвище по внешнему признаку давали простым людям, а не аристократии. В переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия почти не попадается — она, скорее всего, оформилась позже, в эпоху массового закрепления фамилий за крестьянами после отмены крепостного права.

Единственная альтернативная версия — связь с греческим именем Руфос (красный), но она слабая: в православной традиции имя Руф давали редко, а народная форма Руфей от него не образовывалась. Так что прозвище по цвету волос остаётся основным и наиболее убедительным объяснением.