Фамилия Руген — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который сразу выдает отчество или прозвище. Это наводит на мысль, что перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, либо возникшая в среде, где фамилии не русифицировали окончанием.

Самый прямой путь — топонимический. Руген — это немецкое название острова Рюген в Балтийском море. В русских летописях остров упоминается как Руян, а его жители — руяне (или руги). В XV–XVII веках на Русь приезжали купцы, мастера и военные из немецких земель. Фамилию могли дать выходцу с Рюгена или человеку, который торговал с этим регионом. В таком случае Руген — это фамилия-географическое указание, без дополнительного суффикса, что типично для немецкой традиции.

Вторая версия — искусственное происхождение. В XIX веке, особенно в духовных училищах, семинаристам нередко придумывали фамилии на латинский или греческий манер. Руген могло быть образовано от латинского ruga — «морщина», «складка». Тогда фамилия означала бы «морщинистый» — возможно, прозвище по внешности, которое дали ученику и закрепили как фамилию. Однако эта версия менее вероятна: семинарские фамилии обычно более прозрачны (Розов, Сперанский), а Руген звучит слишком конкретно-географически.

Встречается фамилия и в Прибалтике, и в западных губерниях Российской империи. Там она могла быть записана как эстонская или латышская, без изменений. В русском контексте носители Руген — это, скорее всего, потомки остзейских немцев или обрусевших выходцев с балтийского побережья. Фамилия не даёт указания на сословие: её могли носить и мещане, и дворяне, и купцы, в зависимости от того, когда и как предок оказался в России.