Фамилия Ругена — редкий случай, когда географическое имя, скорее всего, стало родовым прозвищем, а не наоборот. В русской традиции фамилии на -а, не склоняемые по мужскому роду, обычно указывают на нерусское происхождение: украинское, белорусское, польское или балтийское. В данном случае основа «Руген» почти наверняка отсылает к острову Рюген в Балтийском море, исторической территории славянского племени руян. Предок-носитель фамилии мог быть выходцем оттуда — переселенцем, купцом или пленником, за которым закрепилось прозвище «Руген» или «Ругенец», то есть «тот, кто с Рюгена».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с немецким словом Rüge — «выговор, порицание». Тогда прозвище мог получить человек сварливый или строгий, но такая модель образования (основа + окончание -а) нехарактерна для немецких фамилий в русской передаче. Скорее всего, это случайное созвучие.

По словообразованию фамилия относится к группе «прозвищных» фамилий, которые не прошли стандартную русификацию через суффиксы -ов/-ев или -ин. Отсутствие суффикса говорит о позднем закреплении или иноязычной среде бытования. Встречается Ругена преимущественно на западе России и в Беларуси, где исторически были контакты с балтийским и немецким населением. Социальный состав носителей мог быть разным — от мещан до крестьян, но точных сведений о сословной принадлежности нет.

Интересная деталь: фамилия Ругена сохранила архаичное окончание, которое в русском языке свойственно скорее женскому роду, хотя носителями могут быть и мужчины. Это сближает её с украинскими фамилиями вроде «Вереса» или «Сковорода», где окончание -а — не показатель пола, а часть основы. Если ваш предок носил такую фамилию, он, вероятно, был либо потомком балтийских славян, либо человеком, чью родословную стоит искать не в центральной России, а в западных губерниях или Польше.