Фамилия Рукотов — одна из тех, где основа ясна, а вот исходное прозвище вызывает споры. В ней легко выделяется корень «рук-» и типичный русский фамильный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность: «чей?» — Рукотов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Рукот. Но что скрывалось за этим прозвищем?

Самая вероятная версия — профессиональная. В старину на Руси «рукотью» называли горсть, пригоршню, а также количество чего-либо, которое можно захватить одной рукой. Прозвище Рукот мог получить либо человек, который отмерял товар горстями (например, торговец зерном или мукой на базаре), либо, что ещё правдоподобнее, мастер, работающий руками, — ремесленник, кузнец или плотник. В говорах слово «рукотный» означало «ручной, сделанный руками», поэтому прозвище могло закрепиться за умельцем, который всё делал сам, без помощи станков или подмастерьев. В словаре В. И. Даля «рукоть» фиксируется именно в значении «горсть», что делает эту версию основной.

Менее распространённое, но возможное объяснение — от глагола «рукотворить» или «рукотствовать», то есть действовать своими руками, управляться. В этом случае прозвище Рукот могло быть ироничным: так могли назвать неуклюжего человека, у которого «всё из рук валится», или, наоборот, хозяина, который во всё вмешивался сам. Однако в ономастике ремесленные прозвища встречаются чаще, чем бытовые, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Суффикс «-ов» указывает, что фамилия формировалась в центральной и северной частях России в XVI–XVII веках, когда отчества на «-ов» стали массово переходить в фамилии. Примечательно, что однокоренных фамилий с той же основой немного: встречаются Рукавишников (от «рукавица») и Рукосуев (от «руку суёт», то есть драчун). Рукотов стоит особняком — его основа не связана с предметом одежды или действием, а именно с мерой или ручным трудом. Это делает фамилию редкой и узко профессиональной.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям: в переписях XIX века Рукотовы встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — регионах, где было развито ремесло и мелкая торговля. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, образованных от прозвищ простых ремесленников. Зато это даёт возможность проследить историю рода по архивным записям: скорее всего, предки Рукотовых были либо кузнецами, либо плотниками, либо мельниками, отмерявшими зерно горстями.