Фамилия Рукшан образована от прозвища Рукша. Скорее всего, оно восходит латышскому глаголу rukšķēt - «хрюкать». Следовательно, можно предположить, что прозвище Рукша могло указывать на определенные особенности голоса или речи основателя рода. Однако не исключено, что так называли и того, кто разводил свиней. Согласно другой гипотезе, прозвище Рукша восходит к литовскому глаголу rukti, который в переводе на русский означает «дымить». Вполне вероятно, что прозвище Рукша указывало на род занятий человека (например, он мог окуривать поля, курить смолу и т.д.) Фамилия Рукшан, вероятно, сложилась под украинским или белорусским влиянием: на это указывает суффикс -ан, характерный для украинских и белорусских фамилий.