Фамилия Рукунова — женская форма, мужской вариант — Рукунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Рукун, которое образовано от слова «рука». В русских говорах «рукун» могли называть человека с необычными руками: например, сильного, с крупными кистями, ловкого в работе или, наоборот, неуклюжего. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «рукун» означало «рукастый» — того, кто всё хватает, присваивает, то есть вора или хапугу. Прозвища по частям тела в русской ономастике встречаются нечасто, но они фиксируются: ср. фамилии Носов, Глазов, Зубов. Однако «рука» дала меньше производных, чем лицо или голова, поэтому Рукуновы — относительно редкая фамилия.

Суффикс -ов указывает на типичную модель образования русских фамилий: от прозвища на твёрдый согласный. Буква «н» в суффиксе — часть основы (Рукун), а не уменьшительный суффикс. То есть это не «Рукунчик» или «Рукавичка», а полноценное прозвище, которое закрепилось в документах.

Географически фамилия Рукунова тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вологодской и Костромской губерниях. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище. В современной России фамилия не массовая, но стабильно фиксируется в нескольких регионах.

С точки зрения социального контекста, Рукуновы в большинстве своём были крестьянами или ремесленниками. Прозвище Рукун могло закрепиться за человеком, который славился физической силой или, напротив, нечистым на руку поведением. Второе значение со временем стёрлось, и фамилия стала восприниматься как нейтрльная, связанная с рукой как символом труда.