Фамилия Ракунова почти наверняка образована от мирского имени Ракун. В старину так называли енота, и это имя давали не случайно. Нарекая младенца Ракуном, родители верили, что природа примет ребёнка как своего, а к нему самому перейдут хваткость, сноровка и другие полезные качества этого зверька. Потомок человека по имени Ракун и получил со временем фамилию Ракунова.

Имя Ракун относится к пласту нецерковных, «животных» имён, которые были широко распространены на Руси до наступления эпохи обязательных христианских имён. Такие имена выполняли роль оберегов, а иногда и просто отражали народную наблюдательность. В основе лежало прозвище, данное за сходство характера или внешности с енотом — например, за ловкость, сообразительность или необычную окраску волос.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ов- присоединился к основе Ракун, а окончание -а указывает на принадлежность к женской линии. Изначально Ракунова — это «дочь Ракуна» или «жена Ракуна», и лишь позже фамилия закрепилась за потомками. Мужской вариант — Ракунов — встречается чаще, но женская форма сохранилась как самостоятельная фамилия, что не редкость для русской ономастики.

Интересно, что в некоторых говорах слово «ракун» могло иметь и другое значение. В ряде регионов так называли крикуна, горлопана или человека с хриплым голосом — от глагола «ракушить» или «рачать», то есть кричать, издавать резкие звуки. Эта версия менее популярна, но имеет право на существование, особенно если фамилия встречается в местностях, где еноты не водились, а слово было в ходу в переносном смысле.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ракушин, Ракушников, Ракушкин — показывает, что основа «ракун» (или «ракуш») в русской антропонимии не была единичной. Это указывает на то, что прозвище было живым и употреблялось в разных формах. В словаре Б. Унбегауна подобные «звериные» фамилии разбираются как типичный пласт русских прозвищных фамилий, и Ракунова органично вписывается в этот ряд.

География фамилии пока изучена слабо, и уверенно привязать её к конкретному региону сложно. Можно лишь предположить, что чаще она встречается там, где в ходу были диалектные слова с корнем «ракун». Но в любом случае носительница фамилии Ракунова может с полным правом считать своими предками людей, носивших яркое, образное прозвище, за которым стояла народная традиция именования по животному миру.