Фамилия Рупанов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Рупанов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Рупан. Само прозвище Рупан, скорее всего, связано с диалектным словом «рупа» или «рупить». В южнорусских и украинских говорах «рупа» — это яма, ров, а также неровность, шероховатость. В некоторых областях «рупить» означало «колоть, рубить», а «рупа» — грубая кожа, огрубевшее место. Таким образом, прозвище Рупан могли дать человеку с грубой кожей, или тому, кто копал ямы, работал с землёй, либо же человеку с неровным, «шероховатым» характером.

Встречается и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: от личного имени Рупан, которое могло быть уменьшительной формой от канонического имени Руфин (лат. Rufinus — «рыжеватый»). В народной речи имя Руфин упрощалось до Рупа, а суффикс -ан давал форму Рупан. Однако эта гипотеза слабая: имя Руфин было редким и почти не встречалось в крестьянской среде, поэтому прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Рупанов тяготеет к югу России, особенно к Курской, Воронежской и Ростовской областям, а также к Украине. В этих регионах слово «рупа» активно бытовало в речи. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Носители фамилии в подавляющем большинстве были крестьянами или однодворцами — сословием, сочетавшим черты крестьян и мелких землевладельцев.

Интересная деталь: фамилия Рупанов не имеет однозначных параллелей в других славянских языках. В польском или чешском аналогов почти нет, что говорит о её узколокальном, южнорусском происхождении. Это не дворянская фамилия — её нет в родословных книгах, но она встречается в ревизских сказках и метриках, что подтверждает её народный, прозвищный корень.