Фамилия Рупосов образовалась от прозвища Рупос, и в её основе лежат как минимум три версии, каждая из которых ведёт к разным родам занятий предков. Самая распространённая гипотеза связывает прозвище с древнерусским словом «рупос» — так называли полосовое железо. В таком случае родоначальник Рупосовых мог быть кузнецом или мастером, работавшим с этим видом металла. Однако в «Домострое» встречается омонимичное слово, но уже финского происхождения, которое означало «хлам, отрепье, всякий мусор». Если опираться на это значение, прозвище Рупос могло закрепиться за старьёвщиком или человеком, который имел страсть к собиранию ненужных ветхих вещей.

Есть и третья, менее очевидная версия — об искусственном происхождении фамилии в семинарской среде. В этом случае основой становится греческое слово «рупос», которое как медицинский термин переводится как «серная пробка в ухе». В Послании апостола Иакова, включённом в Новый Завет, есть призыв освободить уши от всего, что мешает воспринимать Слово Божие: серные пробки лишают человека слуха, а грехи делают ум глухим к словам Божиим. Отсюда предположение, что фамилию Рупосов мог получить нерадивый семинарист, который, по иронии, своим прозвищем напоминал о духовной глухоте.

Исторические документы подтверждают, что прозвище Рупос бытовало на Руси задолго до закрепления фамилий. С. Веселовский упоминает Якова Рупоса, крестьянина 1498 года из Новгорода; Рупосова Свойтина, городского голову 1600 года из Москвы, и Якова Никифоровича Рупосова, помещика 1608 года из Новгорода. Эти записи показывают, что носители прозвища встречались в разных слоях общества — от крестьян до городских голов и помещиков. Потомки человека по прозвищу Рупос со временем получили фамилию Рупосов, которая закрепилась за родом.