Фамилия Рупушев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее лингвистического корня. С высокой вероятностью, это фамилия с Кавказа, а точнее — осетинского или ингушского происхождения. В пользу этого говорит характерный суффикс -ев, который в русской адаптации часто заменяет местные патронимические окончания (например, осетинское -ты или ингушское -н). Такую модель хорошо описал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях», указывая, что фамилии народов Северного Кавказа при записи в российские документы получали русские суффиксы -ов/-ев, но основа при этом оставалась местной.

Основа «Рупу» — звучит не по-славянски. В русском языке нет корня «руп-» с ясным значением, из которого можно было бы вывести прозвище. Зато в осетинском, ингушском и чеченском языках встречаются личные имена и прозвища, начинающиеся на «Ру-» или «Руп-». Например, осетинское имя «Руба» или «Рупу» — возможно, сокращенная форма от более длинного имени, либо прозвище, связанное с внешностью или характером. В ингушской ономастике известна фамилия Руппиев, что близко по звучанию. Точная этимология «Рупу» не установлена, но ясно, что это личное имя или прозвище, а не название ремесла или места.

Таким образом, предок носителя фамилии Рупушев, скорее всего, был осетином, ингушом или чеченцем, которого в русских метриках записали по отцу: «сын Рупу» — Рупушев. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Северного Кавказа, и её носители до сих пор в основном встречаются в Ингушетии, Северной Осетии и соседних регионах. Сословно предки могли быть как горскими крестьянами, так и военными — на Кавказе фамилии не всегда указывают на знатность, часто они просто фиксируют родовое имя.

Среди однокоренных фамилий — Руппиев, Рупов, Рупцев. Сравнение с ними показывает, что суффикс -шев в вашем случае — это не уменьшительная форма, а стандартная русская адаптация местного патронима. Никаких других версий (например, от слова «рупить» или «рупа» в значении «деньги») у этой фамилии нет — это ложные сближения, которые не выдерживают критики.