Фамилия Рутанен — почти наверняка финского или карельского происхождения, и это сразу определяет её географию и модель образования. В русском контексте такие фамилии встречаются в основном на северо-западе, в Карелии и Ленинградской области, а также среди петербургских финнов-ингерманландцев.

Словообразовательная модель проста и типична для финно-угорской ономастики: суффикс -нен (в русской передаче часто -ен) образует фамилии от названий мест, прозвищ или имён. В данном случае основа «Рута» может восходить к нескольким корням. Самый вероятный — от финского «ruta», что означает «рута» (растение, известное как горькая трава, или же «рута душистая»). В старину прозвище Рута могли дать человеку с горьким, неуживчивым характером, либо тому, кто занимался сбором или продажей этой травы. Менее распространённая, но возможная версия — от карельского «ruuta» (железо, лом), что указывало бы на профессию кузнеца или ремесленника, работавшего с металлом.

Если рассматривать фамилию как топонимическую, то она могла возникнуть от названия хутора или деревни Рутаниеми (фин. «Rutaniemi» — «мыс руты»). Такие названия нередки в Финляндии и Карелии. Тогда предок-носитель фамилии был выходцем из этого места — типичная для севера модель, когда человека называли по месту жительства.

В русском языке фамилия Рутанен не склоняется по падежам (как и все фамилии на -ен), что иногда вызывает путаницу в документах. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, она не указывает на отчество или сословную принадлежность, а фиксирует скорее географическую или прозвищную основу. Среди носителей фамилии в России можно встретить потомков финнов-ингерманландцев, переселившихся в XIX веке, или карел, у которых фамилии на -нен также распространены. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что делает её типичным примером «северной» фамилии, сохранившейся в малочисленных родах.