Фамилия Рыгдынова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие догадки. Её основа — «рыгдын» — не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах, ни в ремесленных терминах. Зато она хорошо известна в Бурятии и Монголии: «Рыгдын» — это русифицированная запись бурятского имени Рыгдэн (или Ригдэн), которое восходит к тибетскому «риг-лдан» — «обладающий знанием», «мудрый». В буддийской традиции так могли назвать мальчика в семье, связанной с ламством или просто ценившей учёность.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от отчества: Рыгдын → сын Рыгдына → Рыгдынов. Женская форма Рыгдынова, таким образом, означает «дочь или жена Рыгдынова». Фамилия закрепилась в восточносибирском регионе, особенно в Забайкалье и Бурятии, где в XIX–XX веках происходила активная русификация бурятских имён при записи в метрические книги и советские документы.

Есть одна деталь, которая отличает эту фамилию от десятков других бурятских фамилий на «-ов». Исходное имя Рыгдэн — не родовое и не тотемное, как, например, Будаев (от «буда» — рис) или Базаров (от «базар» — алмаз). Оно принадлежит к пласту имён, связанных с буддийским образованным сословием. Носитель фамилии Рыгдынов в четвёртом-пятом поколении — почти наверняка потомок человека, которого в степи называли не просто по отцу, а по прозвищу, данному за ум или духовный сан.

Из-за редкости корня фамилия практически не имеет омонимов в других языковых группах. Её не спутаешь с Рыжковыми или Рыдвановыми — звуковой облик слишком специфичен. В современных базах данных Рыгдыновы встречаются в основном в Бурятии и Иркутской области, что подтверждает ареал, очерченный ещё в начале XX века.