Фамилия Сабаджан — одна из тех, что не вписывается в стандартную славянскую модель на -ов/-ев или -ин. Её основа и суффикс выдают восточное, скорее всего, тюркское или иранское происхождение, что сразу даёт подсказку: предки носителя, вероятно, жили на южных или восточных рубежах Российской империи, в среде, где смешивались языки и культуры.

Корень фамилии восходит к слову «саба» или «сабад». В тюркских языках «саба» означает большую кожаную флягу для воды или кумыса, а также может быть связано с названием шерстяной ткани. Однако вторая часть — «джан» — явно иранская: в переводе с фарси и таджикского «джан» значит «душа» или «жизнь», часто используется как ласковое обращение или составная часть имён (например, Гюльджан, Шерджан). Таким образом, Сабаджан можно истолковать как «душа сабы» или «тот, кто связан с сабой», но более вероятно, что это сложное имя-прозвище, где «саба» — личное имя или прозвище, а «джан» — уважительная приставка, означающая «дорогой», «любимый». Иначе говоря, Сабаджан — это «дорогой Саба» (подобно тому, как в русской традиции есть «Иванушка» или «Петенька»).

Фамилия не получила массового распространения в России, что типично для поздних фамилий, которые фиксировались у народов Кавказа, Закавказья и Средней Азии в конце XIX — начале XX века. Чаще всего её можно встретить среди армян, азербайджанцев, курдов или таджиков. У армян, например, суффикс -ян (-джан) — один из самых распространённых, но здесь он слился с корнем, образовав единую основу. Если предки были армянами, фамилия могла возникнуть в среде ремесленников или торговцев, имевших дело с кожей или тканями. У тюркских народов «саба» могло быть прозвищем человека, который постоянно носил с собой бурдюк или славился умением делать такие фляги.

В русских документах фамилия Сабаджан могла появиться как запись иноязычного имени без адаптации, что и объясняет её нестандартное окончание. Носители такой фамилии, скорее всего, не были крепостными крестьянами центральной России — их социальный контекст связан с городскими ремёслами, торговлей или кочевым скотоводством. Сегодня Сабаджан остаётся редкой фамилией, и её обладатели могут с высокой вероятностью проследить свои корни до регионов Закавказья или Средней Азии.