Фамилия Сабатковский образована по одной из самых распространённых в польской и западнорусской ономастике моделей — с помощью суффикса -ский/-цкий. Такие фамилии изначально указывали либо на географическое название (место, откуда человек родом), либо на принадлежность к шляхетскому сословию, которое в Речи Посполитой часто принимало фамилии именно по именам владений.

В основе фамилии лежит корень Сабатк-. Скорее всего, это вариант имени Сабат, которое в свою очередь восходит к библейскому имени Савватий (от древнееврейского «шаббат» — суббота, покой). В народной среде восточных славян и поляков имя Савватий нередко сокращалось до Сабат, Сабатка, а от него уже образовывались прозвища и фамилии. Таким образом, Сабатковский — это «потомок Сабатка» или «выходец из местности, названной по имени Сабат».

Менее вероятно, но возможно, что корень связан с диалектным словом «сабатка» — так в некоторых говорах называли особый вид обуви или сапожный инструмент. Если это так, то родоначальник мог быть сапожником или торговцем обувью, а фамилия перешла бы в разряд «профессиональных», но с тем же топонимическим суффиксом.

Фамилия Сабатковский — редкая. Она встречается в основном в западных регионах России и на Украине, что подтверждает её польско-литовское происхождение. В документах XIX века носители такой фамилии чаще всего записаны как мещане или крестьяне, реже — как мелкопоместная шляхта, потерявшая свои привилегии после разделов Речи Посполитой. Сословного барьера для образования фамилии на -ский в этой среде не было: её принимали и безземельные шляхтичи, и зажиточные крестьяне, перенимавшие модель от панов.

Сравните с однокоренными фамилиями: Сабатов, Сабаткин (чисто русские, с суффиксами -ов/-ин) и польско-украинские Сабатовский, Сабаткевич. Сабатковский стоит в том же ряду, что и многие «географические» фамилии, но без конкретного населённого пункта, который можно было бы назвать Сабатки или Сабатково — скорее всего, такое название было, но не сохранилось в документах.