Фамилия Сабайте — редкий случай в русском ономастиконе, поскольку она не вписывается в привычные модели образования на -ов, -ин или -ский. Её основа и суффикс указывают на литовское или жемайтийское происхождение. Фамилия образована по литовской модели с суффиксом -айт (-aitė), который в литовском языке обозначает дочь или потомка, а в фамилиях часто указывает на происхождение от отца или рода.

Корень «Саба» восходит к литовскому личному имени Sabas или к прозвищу, связанному с диалектным словом «saba» — в некоторых говорах так называли неуклюжего или медлительного человека. Есть и другая версия: Sabas — это сокращённая форма от имени Sabalius или Sabinas, которые в Литве встречались как крестильные имена, но редко. В любом случае, фамилия Сабайте — это типичная матронимическая или патронимическая форма женского рода: буквально «дочь Сабаса» или «женщина из рода Сабасов».

В русском языковом пространстве такие фамилии сохранились в основном у потомков литовских переселенцев, которые жили на территории бывшего Великого княжества Литовского — в современных Калининградской, Псковской областях, а также в Беларуси. Мужской вариант фамилии звучал бы как Сабас или Сабайтис. Если предки носительницы фамилии Сабайте были крестьянами или мелкими ремесленниками, то сама фамилия не указывает на сословие — она лишь фиксирует родовую принадлежность.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила литовский суффикс без русификации. В XIX веке при записи в метрические книги литовские фамилии часто переделывали на русский лад: Сабас становился Сабасовым, а Сабайте — Сабайтовой. Но если фамилия дошла до нас в исходном виде, это говорит о том, что предки долго жили в среде, где литовский язык и традиция именования не прерывались. Сегодня Сабайте — одна из тех фамилий, по которой сразу можно определить балтские корни её носителей.