Фамилия Сабонеев — редкий пример, где суффикс -еев указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -ей. В данном случае основа — Сабоней. Такая модель образования (основа на -ей + -ев) встречается реже, чем стандартное -ов/-ев от имен на твердый согласный, и сразу выделяет фамилию из ряда однокоренных.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище Сабоней с тюркским именем Сабан или Сабанбай. В татарском, башкирском и других тюркских языках «сабан» означает «плуг», «соха», а также является частью сложных имен (Сабангул, Сабанбай). Прозвище Сабоней мог получить земледелец, пахарь, либо человек, родившийся во время праздника Сабантуй (праздник плуга). Русские фамилии с тюркской основой и суффиксом -еев (сравните: Алышеев, Тенеев) нередко встречаются в Поволжье и Приуралье, в зоне активных русско-тюркских контактов. Таким образом, предок Сабонеевых мог быть выходцем из татарской или башкирской среды, перешедшим в православие.

Менее вероятна, но возможна версия от русского диалектного слова «сабон» или «сабан». В некоторых говорах так называли неуклюжего, неловкого человека, либо, напротив, бойкого и пронырливого. Но в этом случае форма Сабоней — уменьшительно-ласкательная (сравните: Савоней от Савва), что для прозвища с негативной окраской нетипично. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Это крестьянская или мещанская фамилия, скорее всего, оформившаяся не позднее XVII–XVIII веков, когда в среде служилых и посадских людей активно закреплялись прозвища и патронимы. Встречается она редко, в основном в центральных областях России и в Татарстане, что косвенно подтверждает связь с тюркским миром. Смысл фамилии Сабонеев — «сын Сабонея», то есть потомок человека, которого в округе знали по прозвищу, связанному с земледелием или с тюркским именем.