Фамилия Саботенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этой языковой среде. Суффикс -енко изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе. В данном случае основа — Сабот(а) или Сабот(о), а всё вместе означает «потомок Саботы».

Корень фамилии, скорее всего, связан со словом «сабота» — так в польском и украинском языках называли деревянный башмак, колодку. Прозвище Сабота могли дать сапожнику, башмачнику или человеку, который постоянно носил такую обувь. Встречается и другая версия — от итальянского слова sabato (суббота), но для украинских земель это маловероятно: фамилия имеет все признаки местного, ремесленного происхождения.

С географической точки зрения фамилия Саботенко тяготеет к западу Украины — Волыни, Подолью, Галичине. Там же встречаются и однокоренные варианты: Сабота, Саботовский, Саботюк. В России эта фамилия редка и, как правило, появлялась благодаря миграциям конца XIX — начала XX века.

Социальный контекст прост: носители фамилии — потомки ремесленников, скорее всего, сапожников или кожевников. Никакого дворянства или знаменитых родов за Саботенко не числится, что типично для прозвищных фамилий, образованных от названий профессий.