Фамилия Садовничья — один из тех редких случаев, когда фамилия сохранила в своей основе не профессию, а её женскую форму. В отличие от привычных Садовников, Садовничих или Садовниченко, эта фамилия стоит особняком: она образована не от мужского прозвища «Садовник», а напрямую от женского названия должности — «садовничья». В старину так называли женщину, которая работала в саду или заведовала садовым хозяйством (например, в барских усадьбах или монастырях). То есть носитель фамилии — потомок не просто садовника, а именно садовницы, причём фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного (чья? — садовничья), что указывает на прямую принадлежность: «дочь садовничьей» или «вдова садовничьего человека».

С точки зрения словообразования, перед нами адъективная фамилия, застывшая в форме женского рода. Такое встречается нечасто: обычно русские фамилии на -а/-я либо имеют украинское происхождение (Шевченко, Тимошенко), либо образованы от прозвищ в родительном падеже (Живаго, Мертваго). Садовничья же — чистый пример того, как прозвище по занятию матери или хозяйки дома перешло на детей и закрепилось как родовое имя. Суффикс -ич- здесь не уменьшительный, а указывает на отношение к должности (сравните: «поповна» — дочь попа, «садовничья» — дочь садовницы). Вероятно, фамилия возникла в среде однодворцев или крепостных крестьян, где женщина могла вести самостоятельное хозяйство или служить в усадьбе.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где окончание -ья в фамилиях встречается чаще (сравните: Плотничья, Ковалёва). В центральных и северных губерниях такую форму почти не фиксировали — там предпочли бы Садовникова или Садовничиху. В документах XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания: Садовничая, Садовничья, а иногда и Садовничея — путаница возникала из-за того, что писцы на слух передавали мягкое «ч». Современное написание с мягким знаком закрепилось под влиянием правил русской орфографии, хотя по сути фамилия остаётся исключением из типовых моделей.

Стоит упомянуть, что фамилия Садовничья не имеет отношения к известной династии ректоров МГУ Садовничих — те носят фамилию мужского рода с другим суффиксом (-ич-). Здесь же корень тот же, но социальный контекст иной: не университетская элита, а крестьянский или мещанский быт. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили на юге России или в Малороссии, а их родоначальница была женщиной, чьим ремеслом был сад — не барский, а самый обычный, рабочий.