Фамилия Сафоев — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. В русской модели фамилий на -ов и -ев обычно обозначают принадлежность отцу или хозяину: Иванов, Петров, Соколов. Но Сафоев сбивает с толку. Если бы фамилия была образована по стандарту от имени Сафой (гипотетическая форма), мы бы ждали Сафойев. Вместо этого мы видим Саф-о-ев, где -о- — соединительная гласная, а -ев — патронимический суффикс. Такая модель почти не встречается в великорусских фамилиях, зато типична для тюркских и кавказских языков, где к основе имени добавляют формант -ев, но гласная между корнем и суффиксом сохраняется по законам местного произношения.

Основа фамилии — имя или прозвище Сафо. В русском контексте это может быть народная форма крестильного имени Сафоний (от греческого «Софоний» — «Бог сохранил»). В таком случае фамилия должна была звучать как Сафонов или Сафониев, но не Сафоев. Значит, корень не славянский. Куда вероятнее, что Сафо — это арабское имя Сафа (чистый, ясный) или Сафи (лучший друг, избранный), адаптированное в тюркской среде. В таджикском и узбекском языках имя Сафо распространено, а суффикс -ев типичен для русифицированных фамилий Средней Азии. Именно там, в Таджикистане и Узбекистане, фамилия Сафоев встречается чаще всего.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая логики. В говорах русского севера «сафой» могли называть заносчивого, важного человека — от диалектного «сафонить» (важничать, чваниться). Если это прозвище, то фамилия могла образоваться с отпадением суффикса -ин или -ов, но сохранив форму на -ев, что крайне редко для прозвищной основы. Эта версия слабая, потому что не объясняет, почему прозвище не дало фамилию Сафонов, а дало именно Сафоев.

По сословному составу Сафоевы — почти наверняка не дворяне и не купцы. Фамилия не фиксируется в родословных книгах Российской империи. Носители — скорее выходцы из крестьян или мещан, а после советского периода — люди, чьи предки прошли русификацию фамилий в Средней Азии. Самый известный носитель — таджикский поэт и переводчик Лоик Сафоев, что косвенно подтверждает восточное происхождение фамилии.

Коротко: Сафоев — это русифицированная форма фамилии, корни которой уходят в мусульманскую Среднюю Азию. Основа — имя Сафо (чистый, ясный), а суффикс -ев — результат адаптации под русскую патронимическую модель. Встречается почти исключительно среди таджиков и узбеков.