Фамилия Сафоева образована от мужского имени Сафой. Это имя — вариант восточного имени Сафа, которое восходит к арабскому корню со значением «чистота», «ясность», «безмятежность». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Сафа было распространено, а его форма Сафой встречается как народный, разговорный вариант. Таким образом, основа фамилии — личное имя, указывающее на качество, которое родители желали ребёнку: чистый помыслами, спокойный.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Фамилии на -ев (а не на -ов) появляются, когда основа оканчивается на мягкий согласный или на й: Сафой — Сафоев. Женская форма Сафоева — это грамматическое русское окончание, указывающее на принадлежность к роду. Модель типична для фамилий, которые складывались в XV–XVII веках, когда русское дворянство и духовенство, а затем и крестьянство, адаптировали инородные имена под привычную патронимическую систему.

Географически фамилия Сафоева тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья, где исторически жили татары, башкиры и другие тюркские народы, исповедующие ислам. Встречается она и у русских, но в таких случаях, скорее всего, указывает на смешанные браки или на обрусение носителей в прошлом. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном, а не массовом распространении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то рядом стоят Сафин, Сафонов, Сафаров. Сафин — от имени Сафа с другим суффиксом (-ин), Сафонов — от канонического имени Софон (греческого происхождения, совершенно другой корень), а Сафаров — от арабского слова «сафар» (путешествие). Сафоева стоит особняком: её корень — именно Сафой, а не Сафа или Сафар. Эта деталь помогает не путать её с более частыми фамилиями.

В дореволюционной России носители фамилии Сафоев могли принадлежать к разным сословиям. Среди татар и башкир это были чаще крестьяне и торговцы, реже — духовные лица (муллы). В русской среде фамилия могла закрепиться за выходцами из мещан или однодворцев. Точных данных о дворянском происхождении этой фамилии нет — она не входит в списки столбового дворянства.