Фамилия Сафеева — женская форма фамилии Сафеев. В её основе лежит имя или прозвище, и здесь, как это часто бывает, есть несколько версий происхождения. Самая прямая и распространённая отсылает к арабскому имени Сафи (صفي), что означает «чистый», «искренний», «избранный». В тюркских языках, испытавших влияние ислама, это имя давали мальчикам, желая им душевной чистоты и честности. От имени Сафи по обычной для русской ономастики модели с помощью патронимического суффикса -ев образовалась фамилия Сафеев (сын Сафи). Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Сафе́ева.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с тюркским словом «саф» (صف) — «ряд», «шеренга», «линия». В этом случае прозвище Сафей могли дать человеку стройному, подтянутому, либо тому, кто стоял в первом ряду, был заводилой. Однако для образования фамилии на -ев такое прозвище встречается реже, чем адаптация личного имени.

Фамилия Сафеев (и Сафеева) характерна для татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где исламские имена были распространены веками. Встречается она и у русских, что объясняется смешанными браками или длительным соседством народов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний можно найти крестьян и мещан с этой фамилией — чаще всего это были люди, чьи предки приняли православие, но сохранили родовое имя.

Интересная деталь: написание через «е» (Сафеев), а не через «а» (Сафаев) указывает на то, что в основе лежала именно форма имени Сафи, а не Сафа. В татарском языке имя Сафи произносится с мягким «и», и при адаптации в русском языке гласная в суффиксе закономерно перешла в «е». Это отличает фамилию от, скажем, Сафаров, где корень другой.