Фамилия Сафеина — женская форма фамилии Сафеин, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Сафей. В основе лежит арабское имя Сафа (صفا), которое переводится как «чистота», «ясность», «прозрачность». В тюркской и мусульманской среде это имя было распространено, и от него через прибавление русского суффикса -ин образовалась фамилия: Сафей → Сафеин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын Сафея, человек из рода Сафея.

Сама по себе фамилия Сафеин — редкая. В русском ономастиконе она встречается в основном у татар, башкир и других народов Поволжья, где исламские имена активно входили в фамильную систему. Модель образования через -ин характерна для фамилий, возникших от имён с конечным -а/-я или мягким согласным, что и произошло с основой Сафей. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы видели суффикс -ов (как в фамилии Сафеев), но здесь именно -ин, что указывает на мягкий звук в исходной форме.

Не стоит путать Сафеина с фамилией Сафина, которая образована от имени Сафа напрямую (без промежуточного Сафей). В случае Сафеина мы имеем дело с патронимом, где к имени Сафей добавили русский суффикс, а затем, при передаче по женской линии, окончание -а. Носительницы фамилии Сафеина в большинстве своём — потомки людей, носивших имя Сафей, которое в быту могло звучать и как прозвище человека чистого, незапятнанного.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану и Башкортостану, реже встречается в других регионах России. В дореволюционных метрических книгах её почти нет — это говорит о том, что фамилия, скорее всего, оформилась поздно, в XIX — начале XX века, когда крестьянам и мещанам начали массово давать фамилии по имени отца. До этого люди обходились именем и отчеством (Сафей Иванов сын).