Фамилия Сагенов — одна из тех, где сходу не скажешь, откуда корень. Русское ухо скорее услышит в ней восточное происхождение, и это верно. Фамилия образована по русской патронимической модели (суффикс -ов) от тюркского имени Саген или Сагин. В казахском, татарском и башкирском языках имя Сагин (Сәгын) означает «тоска», «томление», «дума». В переносном смысле — «долгожданный», «желанный» ребенок, которого ждали с тоской. Суффикс -ен (вместо более привычного -ин) — это фонетический вариант, характерный для регионов, где русский язык соседствовал с тюркскими: в Поволжье, на Урале, в Казахстане. Фамилия могла возникнуть, когда русского писаря или священника спрашивали: «Чей ты?» — «Сагенов», то есть сын Сагена.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с тюркским словом «сагын» — «спина», «хребет», что могло стать прозвищем для человека крепкого, широкоплечего. Но эта гипотеза слабее, потому что личные имена в основе фамилий встречаются в разы чаще, чем прозвища от частей тела.

Географически фамилия Сагенов сегодня чаще всего встречается в Казахстане и среди казахов в России (Астраханская, Оренбургская области). В русских переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия не фиксируется — она поздняя, оформилась уже после активного вхождения тюркских народов в состав Российской империи. Обычно такие фамилии получали при переходе в православие или при записи в ревизские сказки, когда нужно было закрепить родовое имя по русскому образцу.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов, где ударение часто падает на суффикс (Ивано́в), в фамилии Сагенов ударение, как правило, держится на корне — Са́генов. Это выдает её нерусскую природу: носители сохранили привычный акцент имени-основы.